На альбоме By The Way основную музыкальную направленность задала работа гитариста Джона Фрушанте: он написал большинство мелодий, аранжировок бэк-вокала и разработал гитарные партии, что придало пластинке более мелодичный, многослойный звук по сравнению с ранними работами группы. Для записи он использовал преимущественно Fender Stratocaster 1962 года и многослойные гитарные овердабы, а также участвовал в фортепианных и клавишных партиях.